Laboratorium Inżynierii Białka i Oddziaływań Cząsteczkowych

Print Friendly

Laboratorium
Inżynierii Białka i Oddziaływań Cząsteczkowych

Laboratorium Inżynierii Białka i Oddziaływań Cząsteczkowych jest kompleksowo wyposażone w najnowocześniejszą aparaturę do badania własności i funkcji białek metodami biochemicznymi i biofizycznymi. Oferujemy możliwość produkcji i oczyszczania białek rekombinowanych z różnych platform ekspresyjnych. Ponadto laboratorium przygotowane jest do analiz oddziaływań zachodzących pomiędzy białkami, białkami a DNA, ligandami oraz peptydami. Dysponujemy specjalistyczną aparaturą umożliwiającą pomiar aktywności biologicznej i parametrów kinetycznych w szerokim zakresie od pM do mM.

Realizujemy badania w ramach projektów naukowych oraz zleceń komercyjnych.

Produkcja i oczyszczanie białek rekombinowanych z różnych systemów ekspresyjnych

Ilościowa i jakościowa bioanaliza białek:

  • Identyfikacja (MS, MS/MS)
  • Czystość (PAGE, WB, SEC, UV-Vis, HPLC/FPLC)
  • Aktywność (SPR, BLI, MST, ELISA, AlphaScreen, AlphaLISA, UV-NIR, FRET, TR-FRET, TRF, FP)
  • Agregacja/oligomeryzacja (DLS, SEC)
  • Stabilność (DSC, CD)
  • Analiza strukturalna (CD)

Projektowanie/modyfikacja białek w celu uzyskania pożądanych własności/aktywności.

Analiza oddziaływań międzycząsteczkowych

wielkość analizowanych reagentów od jonów do wirusów

Kinetyka  i mechanizm oddziaływań

Kd, kon, koff

Kd, DH, DS, stechiometria

Parametryzacja kinetyki enzymów

kcat, Vmax, Km, IC50, Ki

Badania aktywności biologicznej

SPR, BLI, MST

ELISA, AlphaScreen, AlphaLISA

UV-NIR, FRET, TR-FRET, TRF, FP

Wybór, charakteryzacja i optymalizacja potencjalnych bioterapeutyków

 

Aparaty do pomiaru oddziaływania pomiędzy cząsteczkami:

Biacore T200

Aparat wykorzystujący powierzchniowy rezonans plazmonowy (SPR)

 

Octet RED384

Urządzenie wykorzystujące interferometrię warstwową (BLI)

 

 Monolith NT.115Pico

Aparat wykorzystujący termoforezę mikroskalową (MST)

 

Dionex Ultimate 3000

 

AKTA Explorer

 

Tecan FreedomEVO 150

Wielofunkcyjna stacja robocza do oczyszczania biopreparatów  z czytnikiem płytek Infinite M1000 Pro

Tecan FreedomEVO 200

Automatyczna stacja do badań oddziaływań receptor ligand  wraz z wielofunkcyjnym czytnikiem Infinite M200 Pro

 

MicroCal VP-Capillary DSC

Zautomatyzowany różnicowy kalorymetr skaningowy

 

MicroCal ITC200

Izotermalny kalorymetr miareczkujący

 

Zetasizer DLS/SLS Nano ZS

 

Jasco J-815

Aparat do pomiaru skręcalności światła CD

Czytniki płytek:

PE Enspire z modułem Corning Epic, PE Victor X4, Spectra MaxPlus 384

Spektrofluorymetr Sinco FS-2

Spektrofotometr Evolution 201

 

Kierownik Laboratorium – dr inż. Dariusz Martynowski

Inżynier Procesu – mgr Katarzyna Niedzwiedzka

 

Doktor Dariusz Martynowski jest Kierownikiem Laboratorium Inżynierii Białka i Oddziaływań Cząsteczkowych oraz Kierownikiem Laboratorium Modelowania Molekularnego we Wrocławskim Centrum Badań EIT+. Dr Martynowski otrzymał tytuł magistra inżyniera fizyki oraz doktora chemii na Politechnice Łódzkiej. W latach 2001-2004 pracował jako adiunkt na wydziale chemicznym Politechniki Łódzkiej. W 2002 roku wyjechał na  stypendium po doktoracie do The Oklahoma University Health Sciences Centre. Dr Martynowski spędził kilkanaście lat w USA i Kanadzie zajmując się m.in. receptorami jądrowmi (Centre for Pharmacogenetics, University of Pittsburgh, USA), ścieżką biosyntezy NAD (Department of Biochemistry, The University of Texas Medical Center at Dallas, USA) oraz strukturą i funkcją systemów sekrecyjnych w bakteriach (Department of Microbiology and Immunology, University of Saskatchewan, Canada). Zainteresowania naukowe obejmują projektowanie leków, strukturę i funkcję białek, krystalografię makromolekularną, modelowanie molekularne oraz oddziaływania pomiędzy biocząsteczkami.

  • Vanderlinde E, Zhong S, Li G, Martynowski D, Grochulski P, Howard PS. (2014) ‚Functional assembly of the type two secretion system in Aeromona hydrophila involves direct interaction between the periplasmic domains of the assembly factor ExeB and the secretin ExeD’ PloS One, 9(7)
  • Martynowski D, Grochulski P, Howard PS. (2013) ‚Structure of a periplasmic domain of the EpsAB fusion protein of the Vibrio vulnificus type II secretion system.’ Acta Cryst. D69(2):142-9
  • Jin L, Martynowski D, Zheng S, Wada T, Xie W, Li Y. (2010) ‚Structural basis for hydroxycholesterols as natural ligands of orphan nuclear receptor RORgamma.’ Mol Endocrinol.24(5):923-9
  • Sorci L, Martynowski D, Rodionov DA, Eyobo Y, Zogaj X, Klose KE, Nikolaev EV, Magni G, Zhang H, Osterman AL. (2009) ’Nicotinamide mononucleotide synthetase is the key enzyme for an alternative route of NAD biosynthesis in Francisella tularensis.’ PNAS;106(9):3083-8
  • Li Y, Zhang J, Schopfer FJ, Martynowski D, Garcia-Barrio MT, Kovach A, Suino-Powell K, Baker PR, Freeman BA, Chen YE, Xu HE. (2008),’Molecular recognition of nitrated fatty acids by PPAR gamma.’ Nat Struct Mol Biol. 15(8):865-7
  • Li Y, Kovach A, Suino-Powell K, Martynowski D, Xu HE. (2008),’ Structural and biochemical basis for the binding selectivity of peroxisome proliferator-activated receptor gamma to PGC-1alpha.’  J Biol Chem. 283(27):19132-9
  • Rodionov DA, Li X, Rodionova IA, Yang C, Sorci L, Dervyn E, Martynowski D, Zhang H, Gelfand MS, Osterman AL. (2008),’Transcriptional regulation of NAD metabolism in bacteria: genomic reconstruction of NiaR (YrxA) regulon.’, Nucleic Acids Res. 36(6):2032-46.
  • Lee J, Michael AJ, Martynowski D, Goldsmith EJ, Phillips MA. (2007),’Phylogenetic diversity and the structural basis of substrate specificity in the beta/alpha-barrel fold basic amino acid decarboxylases.’, J Biol Chem. 282(37):27115-25
  • Bochkareva E*, Martynowski D*, Seitova A, Bochkarev A. (2006), ‘Structure of the origin-binding domain of simian virus 40 large T antigen bound to DNA’, EMBO J., 25(24), 5961-5969             *equal contribution
  • Martynowski D, Eyobo Y, Li T, Yang K, Liu A, Zhang H (2006), ‘Crystal Structure of a-Amino-b-Carboxymuconate-e-Semialdehyde Decarboxylase (ACMSD): Insight into the Active Site and Catalytic Mechanism of a Novel Decarboxylation Reaction’, Biochemistry 45(35), 10412-10421
  • Yang K, Eyobo Y, Brand LA, Martynowski D, Tomchick D, Strauss E, Zhang H (2006),’Crystal Structure of a Type III Pantothenate Kinase: Insight Into the Mechanism of an Essential Coenzyme A Biosynthetic Enzyme Universally Distributed in Bacteria’, J. Bacteriology 188(15), 5532-5540
  • Głowka ML, Martynowski D, Olczak A, Orlewska C, Foks H, Bojarska J, Szczesio M, Gołka J (2005), ‘Planarity of N′-(amino-2-pyridylmethylene)-hydrazide carbodithioic acid frame and crystal structure of its methyl ester dihydrate’, J. Chem. Cryst. 35 (6), 477-480
  • Grabowski SJ, Dubis AT, Martynowski D, Glowka ML, Palusiak M,Leszczynski J (2004), ’Crystal and molecular structure of pyrrole-2-carboxylic acid; electron delocalization of its dimmers – DFT and MP2 calculations’, J. Phys. Chem. A108(27), 5815-5822
  • Glowka ML, Martynowski D, Olczak A, Bojarska J, Szczesio M, Kozlowska K(2003), ‘Intramolecular hydrogen bond between 4-oxo and 3-carboxylic groups in quinolones and their analogs. Crystal structures of 7-methyl- and 6-fluoro-1,4-dihydro-4-oxocinnoline-3-carboxylic acids’, J. Mol. Struct., 658, 43-50
  • Stanczak A, Ochocki Z, Martynowski D, Glowka ML, Nawrot E (2003), ’Synthesis, structure and antibacterial activity of 4-imino-1,4-dihydrocinnoline-3-carboxylic acid derivatives as isosteric analogues of quinolones’, Arch. Pharm. Pharm. Med. Chem., 1, 18-30
  • Glowka ML, Olczak A, Martynowski D, Kozlowska K, Kulpinski J (2002), ‘Structural consequences of hindered rotation of tolyl substituent in 2,2,4,4,6,6-hexamethyl-1,3,5-triolylcyclotrisilazanes. Crystal structure of o-, m-, p-tolyl derivatives’, J. Mol. Struct., 613, 145-151
  • Orlewska C, Foks H, Sowinski P, Martynowski D, Olczak A, Glowka ML (2001), ‚Synthesis, structure and tuberculostatic activity of N’-(Amino-pyridyl-methylene)-hydrazinecarbodithioic Acid Methyl Esters’, Pol. J. Chem., 75, 1237
  • Glowka ML, Martynowski D, Napieraj A, Olczak A, Stanczak A, Ochocki Z, Lewgowd W (1999), ‚Structure of 1,4-dihydro-1-ethyl-4-iminecinnoline-3-carboxylic acids, classical isosters of quinolone antibacterials: Crystal structures of hydrochlorides of 7-chloro-and 7-methyl derivatives’, J. Chem. Cryst., 29, 687-693
  • Glowka ML; Martynowski D; Olczak A; et al. (1999), ‘Crystal and molecular structures of 1,1-bis(methylthio)-4-(2-pyridyl)-2,3,5-triaza-1,3-pentadiene and its 5-phenyl derivative’, Pol. J. Chem., 73, 845-851
  • Kaminski Z, Markowicz SW, Kolesinska B, Martynowski D, Glowka ML (1998), ‚Synthesis of Chiral 2,4-Dichloro-6-menthoxy-1,3,5-triazines and 2-Chloro-4,6-dimethoxy-1,3,5-triazines as Enantiodifferentiating Coupling Reagents. An X-Ray Study on 2,4,6-Trimethoxy-1,3,5-triazine’, Synth. Commun., 28, 2689-2696
  • Glowka ML, Martynowski D, Kozlowska K (1998), ‚Stacking of six membered aromatic rings in crystals’, Mol. Struct., 474, 81-89
  • Glowka ML, Olczak A, Martynowski D, Staszewska A (1997), ‚Quinoid Structure of Diazine Ring in 4-Iminecinnolines. Crystal and Molecular Structure of 3-Carbomoilo-1,4-dihydro-4-imino-1-methylcinnoline’, Pol. J. Chem., 71, 170-175
  • Krygowski TM, Howard ST, Martynowski D, Glowka ML (1997), ‚Imbalance of Kekule Structures in 2,4,6-trimethoxy-s-triazine’, J. Phys. Org. Chem., 10, 125-127
  • Kaminski Z, Glowka ML, Olczak A, Martynowski D (1996), ‚Thermal Isomerization of 2-Acyloxy-4,6-dimethoxy-1,3,5-triazines to 1-Acyl-3,5-dimethyl-1,3,5-triazin-2,4,6(1H,3H,5H)-triones. Crystal Structure of 1-(2,2-Dimethyloropionyloxy)-3,5-dimethyl-1,3,5-triazin-2,4,6-(1H,3H,5H)-triones’, Pol. J. Chem., 70, 1316-1323
Aleksandra Borek

Opiekun Klienta

Aleksandra Borek

tel: 510 131 925

aleksandra.borek@eitplus.pl

Autor: Agata Kołacz, Opublikowano: 02.02.2016
plusfontminusfontreloadfont